收藏本站
《第八届中国畜牧科技论坛论文集》2018年
收藏 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

简化基因组测序(SLAF-seq)技术在四川地区中华蜜蜂的多样性分析中的应用

李琰  吴贵辉  王平  王建文  王顺海  赖康  王遂林  杨明显  
【摘要】:简化基因组测序技术是由高通量测序发展而来的深度测序技术。它先通过生物信息学方法,参考目标物种的基因组,根据该基因组的重复序列情况、基因特点、GC含量等信息,设计系统的酶切方案,并筛选出特异长度的DNA片段(SLAF标签),构建SLAF-seq文库,通过高通量测序获得大量序列,通过软件比对分析,获得符合要求的SLAF标签,在多态性SLAF标签上开发大量特异性SNP位点。SLAF-seq技术具有通量高、准确性高、成本低、周期短等优势,依据其测序结果可以直接开发大量特异分子标记。SLAF-seq可用来构建多态性图谱、遗传图谱、单体型图谱和关联网谱等,并为大规模种质资源调查、系统进化分析、分子育种等研究提供新思路。很多学者已经将其用来到黄瓜、甘薯等多个物种的遗传多样性分析。对于蜜蜂的遗传多样性,很多学者通过生产性能、形态学、微卫星DNA标记、线粒体基因测序等方法进行过研究,但还未见有采用SLAF-seq技术。中华蜜蜂,简称中蜂,在我国分布十分广泛,四川地区更是拥有十分丰富的中蜂种质资源。但四川地区中蜂地理种群的分类尚不十分明确,中蜂种群之间的多样性研究不够系统,故有必要全面系统地调查四川地区中蜂种质资源多样性。本研究采集四川地区38个地点的中蜂,提取蜜蜂全基因组后,用SLAF—seq进行测序,并获得多态性SLAF标签,开发得到大量特异性SNP位点,并对四川地区38个地点的中华蜜蜂完成系统进化树、群体结构、PCA分析,从基因组水平揭示不同个体之间的遗传分化关系。本研究共获得268631个SLAF标签,其中多态性SLAF标签189234个。通过序列分析并对所有的SNP根据完整度0.5,MAF0.05过滤,共开发得到1018013个高一致性的群体SNP。研究表明,四川地区中蜂可分为六个种群:阿坝种群、甘孜1种群、甘孜2种群、凉山攀枝花种群、四川盆地种群和合江种群。其中甘孜州地区中蜂多态性SNP位点和阿坝中蜂以及四川盆地其他地区的中蜂有显著的差异,具有分化的可能性;阿坝中蜂建立了保护区,保持了其较为原始的遗传多样性。四川盆地和凉山州地区的中蜂有较近的亲缘关系。本研究为四川地区中华蜜蜂种质资源鉴定提供了理论依据据,也为进一步开展四川地区中华蜜蜂种质资源保护奠定了基础。此外,获得的具有特异性SNP位点也为中华蜜蜂筛选抗逆性相关研究提供了新的途径。

【相似文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 杨晓毅;邓晓刚;张爽;周俊;;湖北省宜昌地区中华蜜蜂种质情况研究[J];湖北农业科学;2018年16期
2 王军一;;临沂市中华蜜蜂资源保护及开发措施的研究[J];中国蜂业;2018年10期
3 罗其花;周志勇;;北京密云地区大量饲养中华蜜蜂可行性分析[J];中国蜂业;2018年10期
4 张大利;;辽宁地区中华蜜蜂未来发展构想[J];新农业;2017年22期
5 钟金星;;中华蜜蜂养殖现状与保护措施研究[J];农业与技术;2018年10期
6 ;中华蜜蜂[J];中国蜂业;2018年05期
7 黄继珉;;中华蜜蜂越冬管理现状与对策分析[J];农家参谋;2018年23期
8 王桂芝;娄德龙;姜风涛;王红芳;周衍忠;龚雪;;山东中华蜜蜂资源现状、问题及保护措施[J];中国蜂业;2016年11期
9 王达明;;中华蜜蜂及其在保护生物多样性中的作用[J];云南林业;2016年01期
10 郭成俊;滕跃中;郭宝贝;揭浩亮;张映升;;山西省中华蜜蜂保护措施[J];中国蜂业;2016年01期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 李琰;吴贵辉;王平;王建文;王顺海;赖康;王遂林;杨明显;;简化基因组测序(SLAF-seq)技术在四川地区中华蜜蜂的多样性分析中的应用[A];第八届中国畜牧科技论坛论文集[C];2018年
2 巩志宏;胥保华;郭兴启;;中华蜜蜂甲硫氨酸亚砜还原酶A和B基因的克隆及其表达分析[A];华东六省一市生物化学与分子生物学会2010年学术交流会论文集[C];2010年
3 于菲菲;胥保华;郭兴启;;中华蜜蜂硫氧还蛋白过氧化物酶基因的克隆及其表达分析[A];华东六省一市生物化学与分子生物学会2010年学术交流会论文集[C];2010年
4 颜志立;罗岳雄;张学锋;刘丽;;湖北神农架中华蜜蜂考察笔记[A];海峡两岸第四届蜜蜂生物学研讨会论文集[C];2004年
5 杨冠煌;孙庆海;韩盛明;;中华蜜蜂阿坝宗的调查和研究[A];北京昆虫学会成立四十周年学术讨论会论文摘要汇编[C];1990年
6 杨冠煌;王瑞武;杜芝兰;;中华蜜蜂工蜂王浆腺活性的变化[A];北京昆虫学会成立四十周年学术讨论会论文摘要汇编[C];1990年
7 刘新宇;;中华蜜蜂闭锁繁育保种应注意的几个环节[A];国家蜂产业技术体系蜜蜂育种与授粉功能研究室学术研讨会暨中国养蜂学会蜜蜂育种专业委员会第四届第一次会议暨中国养蜂学会蜜源与蜜蜂授粉专业委员会第五届第一次会议论文汇编[C];2012年
8 陈盛禄;苏松坤;钟伯雄;Stefan Albert;;中华蜜蜂头部cDNA文库的构建[A];海峡两岸第四届蜜蜂生物学研讨会论文集[C];2004年
9 杨建设;;将中华蜜蜂养殖产业列入昭通市“十三五”规划的建议[A];云南省老科技工作者协会“十三五”规划建言献策论文选编[C];2015年
10 于晓丽;郭兴启;胥保华;;中华蜜蜂烟碱型乙酰胆碱受体亚基基因β1和β2的克隆与表达分析[A];国家蜂产业技术体系蜜蜂育种与授粉功能研究室学术研讨会暨中国养蜂学会蜜蜂育种专业委员会第四届第一次会议暨中国养蜂学会蜜源与蜜蜂授粉专业委员会第五届第一次会议论文汇编[C];2012年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 本报记者 杨丽君;深山养蜂人的“甜蜜”事业[N];陇南日报;2017年
2 记者 张学文;全国首单中华蜜蜂险落地平武[N];四川日报;2017年
3 本报记者 刘艳涛;中华蜜蜂产业急待保护开发[N];农民日报;2012年
4 本报实习记者 莫彤;中华蜜蜂迅速消亡之谜破解[N];北京科技报;2004年
5 杨国栋;保护中华蜜蜂就是保护生态平衡[N];中国畜牧兽医报;2014年
6 记者 孙君;桓仁建立中华蜜蜂保护区[N];本溪日报;2011年
7 张波;彭水 打造中华蜜蜂现代科技样板区[N];重庆日报;2016年
8 白继开;中华蜜蜂遭遇生存危机[N];中国畜牧兽医报;2013年
9 张波;彭水打造中华蜜蜂现代科技样板区[N];中国畜牧兽医报;2016年
10 记者 沈洪;中华蜜蜂繁衍保护搭上标准快车[N];中国质量报;2010年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 夏晓翠;中华蜜蜂囊状幼虫病病毒在寄主体内的复制机制及其基于RNAi的防控策略[D];福建农林大学;2014年
2 李江红;中华蜜蜂(Apis cerana)毒腺cDNA文库的构建及主要毒蛋白基因表达调控研究[D];浙江大学;2005年
3 张莹;中华蜜蜂与意大利蜜蜂乙酰胆碱酯酶生物化学性质比较[D];福建农林大学;2005年
4 李兆英;中华蜜蜂(Apis cerana cerana)脑部胚后发育和促性腺激素释放激素相关受体的表达研究[D];陕西师范大学;2007年
5 余林生;皖南中华蜜蜂种群数量动态及群体多样性研究[D];安徽农业大学;2007年
6 王文浩;基于SLAF-seq技术对京海黄鸡生长、屠宰及部分抗病性状的全基因组关联分析[D];扬州大学;2015年
7 朱翔杰;福建及邻近地区中华蜜蜂种群遗传分析[D];福建农林大学;2009年
8 孙汝江;中华蜜蜂表皮蛋白基因的克隆与功能分析[D];山东农业大学;2014年
9 李志勇;中华蜜蜂卵黄原蛋白基因的分子特征及表达研究[D];东北师范大学;2016年
10 刘锋;中华蜜蜂铁代谢相关蛋白及蛋氨酸甲基亚砜还原酶B基因的生物学功能分析[D];山东农业大学;2015年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 叶坤婷;中华蜜蜂成年工蜂中肠乳酸菌的分离鉴定与菌群影响因素研究[D];福建农林大学;2015年
2 王俊杰;基于mtDNA序列的中华蜜蜂群体遗传结构分析[D];陕西师范大学;2018年
3 刘红霞;中华蜜蜂消化道超微结构观察及水通道蛋白基因的表达研究[D];陕西师范大学;2018年
4 翟娜;中华蜜蜂磷酸化应激诱导蛋白1基因(AccSTIP1)的生物学功能分析[D];山东农业大学;2018年
5 吴鹏杰;中华蜜蜂囊状幼虫病毒VP1蛋白单克隆抗体制备及宿主免疫相关基因研究[D];中国农业科学院;2018年
6 陈艺杰;中华蜜蜂和意大利蜜蜂takeout基因的克隆、时空表达及功能分析[D];福建农林大学;2017年
7 于泽浩;蜂蜜成熟过程中成分变化的研究[D];福建农林大学;2017年
8 王雅珺;设施瓜类作物常用杀菌剂对中华蜜蜂毒性影响的研究[D];海南大学;2017年
9 安木曼;中华蜜蜂胚胎形态学与40℃对蜜蜂卵发育影响的研究[D];福建农林大学;2012年
10 刘俊峰;中华蜜蜂春繁蛋白需要及铜锌超氧化物歧化酶基因表达研究[D];江西农业大学;2012年
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62791813
  • 010-62985026