獭兔肠道总菌与活菌微生物组的差异

【摘要】：胃肠道菌群对健康是非常重要的,但是仅仅活菌才能发挥功能,二代测序通常用于微生物组研究,但这个方法并不区分死菌与活菌,通常在消化道中死菌通常占有非常高的比例,二代测序的方法可能得到失真的结果。为了了解总菌与活菌的差异,我们采用改进的PMA结合+二代测序的方法来比较消化道主要区段(胃、空场、回肠、盲肠和结肠)总菌与活菌间的差异。直接提取的粪便基因组代表总菌,PMA处理后提取的粪便基因组代表活菌。qPCR用于分析活菌占总菌的比例,16sRNA基因测序用于分析菌群结构。主要结果如下:前肠菌群具有非常低的活菌比例(胃1.12%,空肠1.2%,回肠2.84%),后肠具有非常高的活菌比例(盲肠24.66%,结肠19.08%)。总菌与活菌间表现了显著的菌群:Clostridiales,Ruminococcaceae和S24-7在后肠都是最优势的菌,丰度发生了改变,但优势顺序没有发生改变;然而在活的前肠菌群,不仅丰度发生了改变,优势顺序也发生了改变,Acinetobacter变为最优势的菌,α多样性和β多样性在两个组差异也是显著的;网络分析发现两组菌群几乎完全不一样。本研究发现大量的死菌存在于獭兔消化道,它们对活菌菌群带来了严重的干扰,尤其在前肠这种扭曲更严重,总菌并不能代表活菌。