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黄牛KLF7基因单核苷酸多态性及其与生长性状关联分析

马亮  蓝贤勇  淮永涛  王辰  王景  雷初朝  王巨强  陈宏  
【摘要】:KLF7基因编码Krupple-like 7,据报道其单核苷酸多态性(SNPs)与日本人的二型糖尿病有关,在丹麦人群体中与抑制肥胖有关。因此,它在可能能量代谢中具有潜在的作用,进而影响动物生长发育。本研究利用测序和人工创造限制性酶切位点(ACRS)-PCR-RFLP的方法在秦川牛、南阳牛、郏县红牛和中国荷斯坦奶牛共计1002头牛中揭示了位于KLF7基因第二外显子及其侧翼区的3个SNPs:NC_007300:g.41401CT,42025TC和42075AG。其中发现了一个同义突变:苯丙氨酸/苯丙氨酸(F54F,C41401T)。有趣的是在同时引入三个TaqI酶切位点后这三个单核苷多态性可以同时被酶切和检测。在三个位点中,只有中国荷斯坦奶牛在C41401T位点偏离哈代温伯格平衡状态。连锁不平衡分析发现C41401T和T42025C在郏县红牛中强连锁,T42025C和A42075G在秦川牛、南阳牛和中国荷斯坦奶牛中强连锁(r~20.33)。群体遗传指数分析发现中国荷斯坦奶牛纯合度在C41401T位点达到1并只有1个有效等位基因。χ~2检验显示在P1、P2和P3位点基因型分布有显著差异,暗示这些多态性与牛品种显著相关(P0.001)。关联分析发现在6月龄,携带基因型TT(T42025C)的牛比基因型TC的牛具有更大的日增重(P=0.009)和胸围(P=0.009)。在12月龄,基因型CC(T42025C)的牛比基因型TC的牛具有更大的体重(P=0.008)、体长(P=0.001)和胸围(P=0.003);基因型AA(T42075C)的牛比基因型AG的牛具有更大的体长(P=0.006)。总之,我们提供了一种便捷的方法(ACRS-PCR-RFLP)来评价遗传资源。另外,KLF7对黄牛早期生长的显著效应还需在其他群体中进行验证,以期有助于中国黄牛的育种。

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