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《中国菌物学会第五届会员代表大会暨2011年学术年会论文摘要集》2011年
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基于真菌全基因组的丛赤壳科DNA条形码研究

曾昭清  赵鹏  罗晶  庄文颖  
【摘要】:随着基因扩增技术和测序方法的成熟,在分类学上产生了一种崭新的物种分类手段——生物DNA条形码技术。DNA条形码是通过一个短的基因片段(500-600 bp),实现对物种的快速、准确、标准化鉴定;它必须具有适合的种内、种间差异,较高的PCR和测序成功率等。丛赤壳科真菌在工农业、医药、环境与健康等方面具有重要的经济价值,对该类群开展DNA条形码探索兼具理论与指导实践的意义。为获得统一、标准的真菌DNA条形码,本研究利用粗糙脉孢菌(Neurosporacrassa)基因组的注释基因分别与其他30种丝状子囊菌基因组比较,根据E值大小预测同源序列;以丛赤壳科13个属34个概念清晰的种为材料,选择Hsp90、AAC、CDC48和EF3作为候选基因,对215个序列片段进行分析,以筛选适合于该科的DNA条形码。结果表明,EF3基因的最大种内距离为1.79%,最小种间距离为3.19%,不存在种内、种间距离重叠,并具有较高的PCR扩增与测序成功率(96.3%),适合作为该科真菌的DNA条形码。CDC48基因可以恰当地区分种内与种间差异,但PCR扩增与测序成功率较低(84%)。Hsp90和AAC基因虽然具有较高的PCR扩增与测序成功率,但在种内、种间距离频率分布存在重叠,可能导致部分种的错误鉴定。研究建议,采用EF3基因作为丛赤壳科真菌的DNA条形码。从全基因组中筛选新的基因片段用于DNA条形码研究,将拓宽条形码的筛选范围,实现准确的物种鉴定,推动条形码技术的发展。

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【参考文献】
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