收藏本站
《第十届全国化学生物学学术会议报告摘要集》2017年
收藏 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

An Efficient and Versatile Tool for Automatic Fragment-Based Design

Yan Li  Zhixiong Zhao  Zhihai Liu  Minyi Su  Renxiao Wang  
【摘要】:In structure-based drug design, automated de novo design methods are helpful tools for lead discovery as well as lead optimization. In a previous study(J. Chem. Inf.Model., 2011, 51, 1474–1491), we reported a new de novo design method, namely Automatic Tailoring and Transplanting(AutoTT). It overcomes some intrinsic problems in conventional fragment-based build-up methods. In this study, we describe an upgraded version, i.e. AutoTT2. Structural operations conducted by AutoTT2 have been largely optimized by introducing several new algorithms. As result, its overall efficiency in multi-round optimization jobs has been speeded up by a few thousand folds. With this improvement, it is now practical to conduct structural crossover among multiple lead molecules by using AutoTT2. Three different test cases are described in this study, which demonstrate the new features and versatile applications of AutoTT2. The AutoTT2 software suite is available to the public.Besides, a web portal for running AutoTT2 on-line is provided at http://www.sioc-ccbg.ac.cn/software/att2 for testing.

【相似文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 ;Synthesis of the Oligosaccharide Fragment of the Surface of Tumor Cell and Its Analogue[J];Journal of Chinese Pharmaceutical Sciences;2001年02期
2 项光亚,Heiner Eckstein;Synthesis of CCK-8 Tetrapeptide Fragment by Enzymatic Method[J];华中科技大学学报(医学英德文版);2003年03期
3 ;Discrimination of Structural Isomers of Aromatic Compounds with EI Mass Spectra and Their Ionization Efficiency Curves of Dehydrogenated Fragment Ions[J];Chinese Chemical Letters;1998年10期
4 ;Space-time Extent of Projectile-like Fragment Measurement for ~(40)Ar+~(nat)Ag Reaction at 30MeV/u[J];IMP & HIRFL Annual Report;1998年00期
5 ;Numerical Method for Solving Relativistic Hydrodynamic Equation Including Quark-Fragment Effect[J];Journal of Shanghai University;1998年03期
6 ;Primary Measurement of Fragment Produced by 62.5MeV/u~(12)C Ions in Biological Equivalent-tissue[J];IMP & HIRFL Annual Report;1999年00期
7 ;Effect of Preequilibrium Fission on Fragment Spins[J];Annual Report for China Institute of Atomic Energy;1997年00期
8 ;Fragment Angular Distributions for 1000 MeV ~40(Ar)+~(209)Bi Reaction[J];1994 Annual Report of Institute of Modern Physics,the Chinese Academy of Sciences & National Laboratory of Heavy Ion Accelerator,LanZhou;1994年00期
9 王正国;唐承功;程雪云;施同舟;;Early Morphological Characteristics of High Velocity Fragment Wounds[J];Journal of Medical Colleges of PLA;1987年02期
10 郭晓蕙;;Comparison of efficacy and safety between biphasic insulin aspart 50 and biphasic human insulin 50:A randomized crossover trial[J];China Medical Abstracts(Internal Medicine);2016年04期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 Yan Li;Zhixiong Zhao;Zhihai Liu;Minyi Su;Renxiao Wang;;An Efficient and Versatile Tool for Automatic Fragment-Based Design[A];第十届全国化学生物学学术会议报告摘要集[C];2017年
2 王任小;;AutoT &T v.2: An Efficient and Versatile Tool for Lead Structure Generation and Optimization[A];中国化学会-生物物理化学专业委员会第四届全国生物物理化学会议论文集[C];2016年
3 ;Reactive Power Optimization Based on Genetic Algorithm of Improved Crossover Operation[A];第24届中国控制与决策会议论文集[C];2012年
4 吕加国;;Fragment-based Design of Novel Quinazolinon Derivatives as Human Acrosin Inhibitors[A];中华医学会第八次全国计划生育学术会议论文汇编[C];2012年
5 Howard Doong;;Identification and Differentiation of KRAS(in Codons 12 and 13)and BRAF Mutations by Fragment Analysis[A];2010年江苏省抗癌协会第二届传统医学专业委员会学术研讨会资料汇编[C];2010年
6 ;Using Good Nodes Set Principle to Evolution Strategy for Constrained Optimization[A];第二十六届中国控制会议论文集[C];2007年
7 ;An Improved Genetic Algorithm for Reactive Power Optimization[A];中国自动化学会控制理论专业委员会C卷[C];2011年
8 崔倩;林峰;;基于HMSIW的可重构crossover设计[A];2018年全国微波毫米波会议论文集(下册)[C];2018年
9 ;Metal-Organic Framework Nanomaterials for Phosphorescence and Magnetic Resonance Imaging[A];中国化学会第六届全国结构化学学术会议论文摘要[C];2012年
10 ;An Improved Hierarchy Genetic Algorithm based on Adaptive Niches[A];第二十四届中国控制会议论文集(下册)[C];2005年
中国重要报纸全文数据库 前2条
1 顾春雨;通用汽车试验全系列“crossover化”[N];中国汽车报;2005年
2 本报记者 韩彦 王亮;哪吒:国外品牌的“中国式进化”[N];经济观察报;2006年
中国硕士学位论文全文数据库 前5条
1 陈佳;基于移动应用GUI的测试研究及在移动安全上的应用[D];山东大学;2018年
2 王雁;餐具的crossover演绎研究与启示[D];南京航空航天大学;2010年
3 Altantsetseg Odonchimeg(陈星);口蹄疫给蒙古国经济所带来损失的测定[D];西北农林科技大学;2013年
4 赵棋;基于Fragment-Type结构的新型滤波器设计研究[D];中国科学技术大学;2014年
5 赵晶;跨界现象初探及思考[D];天津大学;2012年
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62791813
  • 010-62985026