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CaFE:一种基于两点式自由能方法的亲和力预测工具

刘晖  侯廷军  
【摘要】:准确预测结合自由能对于计算生物学和基于结构的药物设计而言是至关重要的。在众多预测结合亲和力的方法中,以MM/PBSA和LIE为代表的两点式自由能计算方法已被广泛应用,其原因在于这类方法能够在预测精度和计算成本之间取得较好的平衡。在本研究中,我们展示了一个易于使用的流程控制工具。用户通过使用这个名为CaFE的工具软件,可以十分方便地进行MM/PBSA和LIE的相关计算。通过后台调用VMD和NAMD等程序,CaFE能够处理由不同分子模拟软件生成的原子坐标和分子动力学轨迹文件并支持多种类型的分子力场参数。

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