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《中国化学会-生物物理化学专业委员会第四届全国生物物理化学会议论文集》2016年
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一种改进的副本交换方法

陈长军  
【摘要】:会务组老师,你好,如果可能的话,我希望能有机会做口头报告,谢谢。作为一种分子模拟中的优秀算法,副本交换方法一直得到了广泛的应用,它的采样效率和计算时间由预先设定的温度数目和副本数目决定,二者密切关联。在本工作中,我们对传统的副本交换方法做了改进,各个温度上的副本被分为活跃副本和非活跃副本。活跃副本在恒定温度上做常规动力学采样,而非活跃副本则从预先设定的状态数据库中采样。事实上,该方法完全消除了副本数目和温度数目的内在关联,因此,我们可以在分子模拟中按照需要自由设置温度和副本。实际计算结果表明,改进后的副本交换方法比传统方法表现更好,在同等计算量的条件下,它可以提供更为准确的采样数据,包括自由能和热熔等等,这对分子模拟有着重要意义。
【作者单位】:华中科技大学物理学院
【分类号】:O561

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1 耿梦;基于过程表达的产品数据交换方法研究[D];大连工业大学;2010年
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