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《中国化学会-生物物理化学专业委员会第四届全国生物物理化学会议论文集》2016年
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超大蛋白质体系粗粒化的新方法

夏飞  
【摘要】:模拟蛋白质大体系功能的有效手段之一是发展相应的粗粒化模型(Coarse-Grained Model),确定其体系的粗粒化划分需要建立严格系统的方法。我们最近提出了一种称为"波动极大化粗粒化"(FM-CG)的新方法,该方法主要通过极大化蛋白质体系中各个功能区域间的相对波动来确定体系的粗粒化粒子的划分。同时,我们发展了一种称为"分步局域迭代优化"(SLIO)的算法来加速蛋白质大体系的粗粒化划分过程,该算法最大的优点在于,不但能够得到与模拟退火近似的结果,并且计算速度比模拟退火快两个数量级以上。我们对一系列蛋白质大体系的测试结果表明,对于含有上千个残基的体系,利用弹性网络模型作为细粒化模型进行粗粒化所需的时间在"秒"的时间尺度内,远远少于模拟退火所用的时间。
【作者单位】:East China Normal University
【分类号】:Q51

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