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Molecular Mechanism of HIV-1 Integrase-vDNA Interactions and Strand Transfer Inhibitor Action:A Molecular Modeling Perspective

薛伟伟  刘焕香  姚小军  
【摘要】:正Human immunodeficiency virus type 1(HIV-1) integrase(IN) is a promising therapeutic target for developing anti-AIDS agents.Nevertheless,the elucidation of the structure of HIV-1 IN complexed with viral DNA(vDNA) and the inhibition action of HIV-1 IN strand-transfer inhibitor raltegravir(RAL,approved by FDA in 2007) has been proved to be a great challenge.Herein,we report on a computational model of HIV-1 IN-vDNA-RAL using the crystal structure of prototype foamy virus(PFV) intasome as a template.Furthermore,molecular dynamics(MD) simulation was carried out to identify the key contact residues of the IN binding to vDNA as well as the conformation changes of the IN residues and vDNA nucleotides at the active-site.Additionally,a possible RAL binding and inhibition mechanism was also proposed,which provides a new chance and a reliable platform for the structure-based drug design and discovery targeting integration process of HIV-1.

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