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《第十一届全国计算(机)化学学术会议论文摘要集》2011年
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基于蛋白质序列信息的信号肽上有害非同义单核苷酸多态性的预测

秦文丽  李益洲  李娟  余乐正  郭延芝  李梦龙  
【摘要】:信号肽通常位于前体蛋白的N端,在细胞表面受体蛋白的定位,分泌蛋白的迁移和细胞与细胞间的交流等各种各样的生物学过程中发挥着重要作用。信号肽上单个氨基酸的突变可能引起其功能的丧失,进而导致一些相关疾病的发生。因此,正确识别有害突变对于疾病的治疗以及相关药物的研制具有重要意义。采用了mRMR特征选取方法对一些基于蛋白质序列信息的特征描述符进行去冗余处理,选取与数据集最相关的最优特征集来表征残基,通过随机森林算法来预测突变残基是否是疾病相关的突变。构建的模型呈现了较优的性能,其预测准确率达到84.5%。为了验证所构建模型的优越性,用相同的数据集与现有的基于R得分和D得分的两种方法进行了比较,结果表明该方法优于这两种文献报道方法,进一步说明该方法对信号肽上有害nsSNPs有很好的预测效果。
【作者单位】:四川大学化学学院
【分类号】:Q51

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