收藏本站
《第十一届全国计算(机)化学学术会议论文摘要集》2011年
收藏 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

ChemoPy:一个基于python语言编写QSAR/QSPR分子描述符计算软件包

曹东升  严军  梁逸曾  许青松  
【摘要】:分子结构的表征是QSAR/QSPR建模中最为重要的一步,也是化学信息学中一个非常重要的议题。为了有效的表征分子结构信息,我们基于python语言开发了一个QSAR/QSPR分子描述符计算软件包(ChemoPy)。我们开发的ChemoPy能够计算大量的分子描述符,主要包括:分子组成描述符,拓扑结构描述符,拓扑化学描述符,电子状态Estate描述符,CPSA描述符,RDF描述符,WHIM描述符,两种类型的电荷描述符(基于Gasteiger电负性均衡和半经验优化计算),几何描述符,GATEWAY描述符,自相关描述符,MOE类型的描述符等。此外,ChemoPy软件包也能够计算各种类型的分子指纹及分子碎片特征,包括Daylight指纹,307个FP4指纹,166个MACCS指纹,79个Estate指纹,801个Pubchem指纹,各种原子对碎片,Morgan指纹,2D药效团指纹等。ChemoPy最为重要的优点是它内嵌了能够进行分子结构优化的MOPAC半经验量子化学计算程序,因此也能够直接的计算各种量子化学描述符。
【作者单位】:中南大学化学化工学院 中南大学数学院
【分类号】:O561

手机知网App
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 纪彩虹;张晓昀;;生物分配胶束色谱中胺类和酚类衍生物的定量构效关系研究[J];赤峰学院学报(自然科学版);2011年06期
2 ;[J];;年期
3 ;[J];;年期
4 ;[J];;年期
5 ;[J];;年期
6 ;[J];;年期
7 ;[J];;年期
8 ;[J];;年期
9 ;[J];;年期
10 ;[J];;年期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 曹东升;严军;梁逸曾;许青松;;ChemoPy:一个基于python语言编写QSAR/QSPR分子描述符计算软件包[A];第十一届全国计算(机)化学学术会议论文摘要集[C];2011年
2 严军;曹东升;黄建华;徐青松;梁逸曾;;分子描述符的组合应用及其计算平台的构建[A];中国化学会第28届学术年会第14分会场摘要集[C];2012年
3 尤春;胡奔;孔德信;;农药数据库的化学信息学分析[A];第十一届全国计算(机)化学学术会议论文摘要集[C];2011年
4 曹东升;许青松;梁逸曾;陈宪;李洪东;;组合树的集合体和后向消除策略去分类P-糖蛋白化合物[A];第十届全国计算(机)化学学术会议论文摘要集[C];2009年
5 王敏;杨学刚;薛英;鄢国森;;用于支持向量机分类预测药物活性的分子描述符计算方法的比较[A];第九届全国计算(机)化学学术会议论文摘要集[C];2007年
6 易忠胜;刘树深;张爱茜;王连生;;基于均匀试验设计交叉检验的VSMP变量筛选方法[A];第五届全国环境化学大会摘要集[C];2009年
7 朱伟;黄钦;陈可冀;徐筱杰;;调脾护心方的化学信息学研究[A];2009年全国中药学术研讨会论文集[C];2009年
8 潘勇;蒋军成;;人工神经网络方法在脂肪醇闪点预测中的应用[A];第十四届海峡两岸及香港、澳门地区职业安全健康学术研讨会暨中国职业安全健康协会2006年学术年会论文集[C];2006年
9 吕新旗;张运陶;;基于PSO-v-SVM算法的1-芳基-四氢异喹啉类化合物抗HIV活性的QSAR建模研究[A];第十届全国计算(机)化学学术会议论文摘要集[C];2009年
10 张立;白乃彬;;酰胺系列化合物分子结构与对鼠急性毒性关系研究[A];Risk Assessment of Toxic Chemicals--Proceedings of CCAST (World Laboratory) Workshop[C];2001年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 马卫平;线性和非线性方法在QSAR/QSPR研究中的应用[D];兰州大学;2007年
2 任月英;QSPR/QSAR在药物、分析化学和环境科学中的应用[D];兰州大学;2007年
3 吕文娟;构效关系及CE新体系的研究与应用[D];兰州大学;2008年
4 胡荣静;HIV-1逆转录酶及其抑制剂的分子模拟研究[D];兰州大学;2009年
5 李加忠;QSAR研究中提高模型预测能力的新方法探讨及其在药物化学中的应用[D];兰州大学;2009年
6 王杰;数学建模方法在药物化学及大鼠大脑新陈代谢中的应用研究[D];兰州大学;2009年
7 陈蕾;原始蛋白酶结构功能的生物信息学分析及化学基础[D];山东师范大学;2009年
8 杜红英;化学信息学新算法及在化学、生物与食品科学中的应用研究[D];兰州大学;2009年
9 马广立;口服药物吸收属性与人体药时曲线预测方法研究[D];浙江大学;2007年
10 徐亮;苯酚衍生物作用模式的分类及其生物降解过程中氧分子通道的结构与功能[D];大连理工大学;2009年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 陈建挺;含氧类和含硫类有机物的性质测定及QSAR/QSPR研究[D];常州大学;2010年
2 郝丽芬;头孢菌素类抗生素的构效/构动关系及分子设计[D];四川大学;2005年
3 李钢;磺酰胺嘧啶类内皮素受体拮抗剂的构效/构动关系及分子设计[D];四川大学;2005年
4 陈晓梅;机器学习方法用于二氢叶酸还原酶抑制剂的活性预测[D];四川大学;2007年
5 王正国;机器学习方法用于选择性环氧化酶-2抑制剂活性预测模型的建立[D];四川大学;2006年
6 陈仕伟;基于支持矢量学习机的抗真菌药物和人体小肠吸收药物的活性预测[D];四川大学;2005年
7 袁海斌;基于支持向量机的药物ADME/T性质预测[D];四川大学;2007年
8 夏彬彬;径向基函数神经网络在环境化学和药物化学中的应用[D];兰州大学;2008年
9 陈敏燕;人工智能算法在生物药剂学中的应用[D];浙江大学;2008年
10 陈昱学;计算机辅助药物ADME性质预测新方法研究[D];兰州大学;2009年
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62791813
  • 010-62985026