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《“全球变化下的海洋与湖沼生态安全”学术交流会论文摘要集》2014年
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刺参管足miRNA的生物信息学分析及表达的初步研究

王洪迪  崔军  王秀利  常亚青  
【摘要】:刺参(Apostichopus japonicus)是我国重要的海水养殖动物,因具有丰富的营养成分和生理活性物质已成为我国北方海水养殖业产值最高的水产动物。管足是刺参的多功能器官,具有呼吸、捕食、免疫、运动等功能。已有的研究表明,对刺参管足的研究,大多是解剖生物学和发育生物学等初步分析,在管足的分子生物学方面的研究十分少见。本研究采用高通量测序和生物信息学等技术对刺参管足miRNA进行初步研究,以期为进一步解析管足生长发育相关基因及其调控积累前期工作基础。,研究结果表明:共得到管足RNA reads为8,053,300条,clean reads为4,799,733条,共包含了85,593条unique reads。经分析发现,共有3,206,438条reads为已知miRNA reads,可聚类到260种已知miRNA中,其中测序条数为100以上的reads为67种,发现新的miRNA 6种。对所有miRNA进行靶基因预测,共得到靶基因13467个,经GO分析后发现这些基因存在于不同的生物功能本体中。对这些靶基因进行KEGG分析,并对每个管足特异miRNA调控的KEGG做交集分析发现,受到2个或以上miRNA共同调控的通路有50条。miRNAs经实时定量分析,发现其中4种miRNAs,miR-29a,miR-29b,miR-278-3p和miR-2005为刺参管足特异上调表达的miRNAs。这四种miRNAs的靶基因分别有579、544、279和574个。选取部分靶基因进行实时定量验证,15个预测的靶基因中有11个基因符合预测结果。这11个靶基因分布在不同的GO本体中,行使不同的功能。

【相似文献】
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1 李栋;常亚青;王玉丹;丁君;;刺参管足SMART cDNA文库构建及EST分析[J];生物技术通报;2011年09期
2 孙日东;海胆趣谈及其利用[J];中国水产;1985年12期
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