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快速筛选定义北京基因型结核分枝杆菌的新方法

刘毅  李卫民  田苗  孙照刚  李传友  周辉  张治国  高铁杰  高峰  
【摘要】:目的在经典的结核分枝杆菌基因分型方法的基础上介绍推荐一种快速准确定义北京基因型结核分枝杆菌的新方法,分析说明此方法的由来、准确性和快速性。方法选定北京市昌平区的 336株临床菌株作为实验菌株。首先采用经典的基因分型方法:间隔区寡核苷酸(Spoligotyping)分型方法对结核菌进行初步鉴定确定北京基因型结核分枝杆菌和非北京基因型结核分枝杆菌,进一步对确定为北京基因型的结核分枝杆菌运用多重 PCR 的方法区分出典型北京基因型菌株和非典型北京基因型菌株。完成运用经典分型方法后,对同批的菌株采用新的基因分型方法,即 Real-time PCR 方法,来对结核分枝杆菌重新分型,结合最新的比较基因组学的研究成果,通过判定结核分枝杆菌基因组中 RD105区是否缺失进行结核分枝杆菌北京谱系的定义。判定结核分枝杆菌基因组中 RD181区是否缺失进行典型北京基因型结核分枝杆菌和非典型北京基因型菌株的定义。最后,对经典(Spoli- gotyping 和多重 PCR)和 Real-time PCR 方法两种系统基因型分型方法的结果进行比较分析,从而对这种新的分型方法作出正确的评估。结果利用 Spoligotyping 分型方法,将336株结核分枝杆菌进行基因分型。299株为北京基因型,占全部菌株的89.1%(299/336)。采用 Real-time PCR 方法, 以定义北京基因型的 RD105为靶标分析结核分枝杆菌。其中缺失 RD105的北京基因型结核分枝杆菌为299株,占全部菌株的89.1%(299/336)。 Spoligotyping 方法鉴定的北京系与 RD105鉴定的北京系结果完全一致。而多重 PCR 方法和 Real- time PCR 方法对299株北京基因型结核分枝杆菌典型和非典型的定义结果的一致率也达到了 99.09%。结果充分说明运用两种系统分型方法对北京基因型谱系及典型和非典型北京基因型的定义结果基本一致,而且新方法的分型速度更快捷,操作更方便。结论通过与 Spoligotyping、多重 PCR 分型方法比较可知,Real-time PCR 分型方法作为一种新的快速定义北京基因型菌种的方法,具有快速,准确,简便的特点,为临床检验中的快速诊断基础科研中的快速筛选均可提供有益的补充和帮助。

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