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《中国毒理学会第七次全国毒理学大会暨第八届湖北科技论坛论文集》2015年
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胃癌相关长链非编码RNA的鉴定及肿瘤标志物的筛选研究

李成云  梁戈玉  姚文卓  隋静  申娴  张艳秋  马书梅  尹立红  浦跃朴  
【摘要】:【目的】揭示胃癌相关长链非编码RNA(LncRNA)表达谱,探索代表性LncRNAs在胃癌早期诊断中的潜在价值。【方法】提取胃癌患者癌组织与癌旁对照组织中的总RNA,利用LncRNA和mRNA组合式芯片检测技术筛选出两者之间差异表达的LncRNAs和mRNAs。通过DAVID数据库对差异化表达的mRNAs进行GO功能注释,通过KEGG数据库分析差异化表达的mRNAs参与的信号通路。结合GO和KEGG结果,挑选出两者共有的差异表达的mRNAs,联合差异LncRNAs数据构建LncRNAs与mRNAs的共表达网络,间接分析LncRNAs的潜在功能。对比分析LncRNAs与mRNAs共表达网络、GO/KEGG以及芯片结果,筛选出与胃癌相关的关键LncRNAs与mRNAs。采用qRT-PCR技术对随机选取的关键LncRNAs与mRNAs在30例进展期胃癌患者中进行验证。最后应用条件Logistic回归分析候选LncRNAs与胃癌之间的相关关系。【结果】胃癌相关LncRNAs表达谱结果显示:1046种LncRNA在胃癌组织和癌旁组织中的表达差异超过2倍,其中在胃癌组织中高表达和低表达的分别有427种和619种;mRNAs表达谱结果显示:2996种mRNAs在胃癌组织和癌旁组织中的表达差异超过2倍,其中在胃癌组织中高表达和低表达的分别有647种和2349种;GO/KEGG结果显示:胃癌组织和癌旁组织中差异表达的mRNAs主要参与小细胞肺癌、细胞粘附和代谢等相关信号通路;LncRNAs与mRNAs共表达网络分析结果显示:有共表达关系的LncRNAs共计184种,mRNAs共计164种。结合共表达网络、基因功能注释以及芯片结果,筛选出可能与胃癌发生密切相关的关键LncRNAs14种,mRNAs 12种。14种LncRNAs和4种mRNAs的qRT-PCR结果显示:整体表达变化趋势与芯片结果基本相符,其中RP5—919F19,CTD-2541M15,AC010731和UCA1在胃癌组织中表达显著上调,与癌旁组织相比有统计学差异(p0.05);AP000459,LOC101928316,RP11-167N4和LINC01071在胃癌组织中表达显著下调,与癌旁组织相比有统计学差异(p0.05)。条件Logistic回归分析候选LncRNAs与胃癌之间的相关关系结果显示:RP5-919F19,CTD-2541M15和UCA1与胃癌之间的相关系数(OR)分别为(2.311,2.860和3.193);LOC101928316,RP11-167N4和TTC28-AS1与胃癌之间的相关系数(OR)分别为(0.231,0.667和0.132)。【结论】本研究系统的揭示了胃癌相关的LncRNA和mRNA的表达谱,研究结果提示多种LncRNAs在胃癌患者肿瘤组织中呈异常表达,其中RP5-919F19,CTD-2541M15,LOC101928316等在胃癌发生、发展过程中可能起一定的作用。

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