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中国海南岛正红树(Rhizophora apiculata Blume)的群体基因组学研究

陈咏梅  
【摘要】:正红树是一种典型而常见的红树植物,它专一地生长于海岸潮间带、适应于海岸潮间带这种极端而多变的环境。本研究选取了海南岛东海岸的三个群体,每个群体采集30个个体,利用新一代测序技术分别对每个群体进行混合测序,然后利用maq软件对78个核基因片段总长超过66,000bp的DNA序列筛选SNP位点。本研究中Illumina测序的平均深度超过4,600x,比对上参考序列的比例超过84%,表明测序深度和测序质量都很高,更能保证SNP筛选以及后续分析的准确性。海南岛的三个正红树群体分别筛选出81,109和77个SNP位点,群体内每个位点的遗传多态性指数θw分别是2.61*10-4,3.41*10-4和2.42*10-4,每个位点的遗传多样性指数θπ分别是3.02*10-4,3.72*10-4和2.62*10-4,遗传多态性和遗传多样性的分析均表明正红树的群体内遗传多样性水平很低。两两群体间的Fst平均值均大于0.05,Fst的最大值分别为0.841,0.818和0.709,表明海南岛的各个群体间有较大的遗传分化,使用瓶颈效应-隔离的模型的模拟分析的结果也显示本研究观测到的未分化的基因数目和高分化的位点数目均显著的偏离模拟数据,适应性的自然选择的作用可能是某些位点高度分化的原因。本研究对海南岛的红树林保护具有重要的指导意义,并且为极端环境下红树植物的适应性进化研究提供了宝贵的方法和材料。

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