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《渔业科技创新与发展方式转变——2011年中国水产学会学术年会论文摘要集》2011年
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菲律宾蛤仔EST-SSR引物设计及特性

陈丽梅  李岩  吴璠  
【摘要】:菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum),俗称花蛤、蚬子、蛤蜊。隶属于双壳类帘蛤目帘蛤科蛤仔属。菲律宾蛤仔生长迅速,养殖周期短,适应性强,广泛分布在我国南北海区,是一种适合于人工高密度养殖的优良贝类,被誉为我国传统四大养殖贝类之一,具有较高的经济价值。在海洋贝类遗传学研究领域中,微卫星标记技术因其准确快速、通用性好等优点,被广泛应用于种群分化研究,种质鉴定及生态学等研究方面。本实验以菲律宾蛤仔为研究对象,采用数据库筛选的方法开发菲律宾蛤仔的微卫星标记。对菲律宾蛤仔EST数据库中的2500条序列进行筛选分析,共发现微卫星序列104个,占整个ESTs数据库的1.84%。序列特点为:微卫星的重复次数主要集中在5-8次,最高重复次数为9次。其中二碱基重复序列形式主要是(TA)n,占总数的25.96%,三碱基重复序列形式主要是(TTG)n。使用Oligo6引物设计软件对104个包含有微卫星的序列进行引物设计,最后合成引物11对,其中3对引物能扩增出多态性较好的清晰条带,最佳退火温度为54℃,54℃和56℃。可以很好的适用于菲律宾蛤仔的种群遗传及家系分析。

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