拟穴青蟹线粒体COI基因序列克隆及SNPs位点筛选

【摘要】：本研究根据拟穴青蟹(Scylla paramamosain)线粒体全序列设计引物,采用PCR产物双向测序法,克隆了线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COI)基因部分序列(761bp),并筛选、分析了拟穴青蟹的SNPs位点。共分析了16个采自福建省宁德市的拟穴青蟹个体,另外,从GenBank数据库中下载了33条前人提交的拟穴青蟹COI基因序列(长度在425bp-539bp之间)。利用MEGA4.0生物学软件对所有序列进行分析,结果表明T、C、A和G的平均含量分别为37.7%、17.8%、28.8%和15.6%,G+C的含量平均为33.5%。比对结果表明,在所克隆的761bp长的COI基因序列中共筛选到34个SNPs位点,SNPs位点出现频率为4.5%。在这34个SNPs位点中,16个为C/T转换(占47.1%),13个为A/G转换(占38.2%),2个为A/T颠换(占5.88%),1个为A/C颠换(占2.94%),1个为G/C颠换(占2.94%),另有一个位点(201bp处),发生了A/C颠换和C/T转换两种类型的碱基替换,并且发现两处插入和缺失突变(107bp和403bp处)。由于GenBank中的COI序列比本研究所获得的序列短,因此,在34个SNPs位点中,有31个位点出现在所有序列中,而另外3个位点仅出现在本研究所获得的序列中。氨基酸分析表明,在34个SNPs位点中,有11个位点属于非同义突变,引起了氨基酸的变化;其他23个位点属于同义突变,未引起氨基酸的变化。本研究将为拟穴青蟹遗传背景和群体遗传多样性研究提供新的分子标记。