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ECBN: Ensemble Clustering based on Bayesian Network inference for Single-cell RNA-seq Data

Dexin Zhang  Yuan Zhu  
【摘要】:With the development of single-cell sequencing technology, it is a hot research topic to identify the cell types using single-cell sequencing data, and many single-cell clustering algorithms have been developed to study this issue. These methods capture partial information of single-cell sequencing data, and obtain the different performance on the same data set. Combining these different results into one can improve the accuracy and validity. Here, we proposed ECBN, Ensemble Clustering based on B ayesian Network. ECBN can ensemble several different results of state-of-the-art single cell clustering methods, such as Seurat, CIDR, SC3 and t-SNE+k-means, and generate a more optimal clustering result through Bayesian network. Experiments are carried on the 5 single cell data sets and compared with 4 individual single cell clustering methods and 3 integrative methods.The size of experiment data sets ranges from 822 to 3605 and the results show that our method can achieve good performance.Moreover, ECBN can also use the graphical regularization to lighten the limitation which is generated by the different basis results.

中国期刊全文数据库 前20条
1 焦亚萌;武岳;崔琳;郭华;任劼;;均匀先验分布Bayesian自适应波束形成方法[J];信号处理;2020年05期
2 ZHAO Rudong;SHI Xianming;WANG Qian;SU Xiaobo;SONG Xing;;Bayesian inference for ammunition demand based on Gompertz distribution[J];Journal of Systems Engineering and Electronics;2020年03期
3 Long Chen;Linqing Wang;Zhongyang Han;Jun Zhao;Wei Wang;;Variational Inference Based Kernel Dynamic Bayesian Networks for Construction of Prediction Intervals for Industrial Time Series With Incomplete Input[J];IEEE/CAA Journal of Automatica Sinica;2020年05期
4 Jun Ling;Gao-Jun Liu;Jia-Liang Li;Xiao-Cheng Shen;Dong-Dong You;;Fault prediction method for nuclear power machinery based on Bayesian PPCA recurrent neural network model[J];Nuclear Science and Techniques;2020年08期
5 Paulino Pérez-Rodríguez;Osval A.Montesinos-López;Abelardo Montesinos-López;José Crossa;;Bayesian regularized quantile regression:A robust alternative for genome-based prediction of skewed data[J];The Crop Journal;2020年05期
6 CAI Run;PENG Tao;WANG Qian;HE Fanmin;ZHAO Duoying;;Simulation of Silty Clay Compressibility Parameters Based on Improved BP Neural Network Using Bayesian Regularization[J];Earthquake Research in China;2020年03期
7 KANG Ji-chuan;WANG Lang;LI Ming-xin;SUN Li-ping;JIN Peng;;Failure Statistics Analysis Based on Bayesian Theory: A Study of FPSO Internal Turret Leakage[J];China Ocean Engineering;2019年01期
8 Bing Liu;Shishi Feng;Xuan Guo;Jing Zhang;;Bayesian Analysis of Complex Mutations in HBV, HCV,and HIV Studies[J];Big Data Mining and Analytics;2019年03期
9 Jia Wu;Xiu-Yun Chen;Hao Zhang;Li-Dong Xiong;Hang Lei;Si-Hao Deng;;Hyperparameter Optimization for Machine Learning Models Based on Bayesian Optimization[J];Journal of Electronic Science and Technology;2019年01期
10 赵泽;;Comparison Between χ~2 and Bayesian Statistics with Considering the Redshift Dependence of Stretch and Color from JLA Data[J];Communications in Theoretical Physics;2019年09期
11 Qiang GUAN;Yin-cai TANG;;Bayesian Planning of Optimal Step-stress Accelerated Life Test for Log-location-scale Distributions[J];Acta Mathematicae Applicatae Sinica;2018年01期
12 Xueyou Li;Limin Zhang;Shuai Zhang;;Efficient Bayesian networks for slope safety evaluation with large quantity monitoring information[J];Geoscience Frontiers;2018年06期
13 Pengcheng Zhang;Yingtao Sun;Hareton Leung;Meijun Xu;Wenrui Li;;A Novel Approach for QoS Prediction Based on Bayesian Combinational Model[J];中国通信;2016年11期
14 Jun Zhu;Jianfei Chen;Wenbo Hu;Bo Zhang;;Big Learning with Bayesian methods[J];National Science Review;2017年04期
15 Mao-Kuan Zheng;Xin-Guo Ming;Xian-Yu Zhang;Guo-Ming Li;;MapReduce Based Parallel Bayesian Network for Manufacturing Quality Control[J];Chinese Journal of Mechanical Engineering;2017年05期
16 刘银华;叶夏亮;金隼;;A Bayesian Based Process Monitoring and Fixture Fault Diagnosis Approach in the Auto Body Assembly Process[J];Journal of Shanghai Jiaotong University(Science);2016年02期
17 黄开启;古莹奎;梁玲强;;Reliability Risk Evaluation Method for Complex Mechanical System Based on Optimal Bayesian Network[J];Journal of Donghua University(English Edition);2016年02期
18 沙林秀;邵小华;张奇志;李琳;;基于Bayesian多分支岩石可钻性值估计[J];中国石油大学学报(自然科学版);2014年03期
19 王囡;刘琦;;基于异常值检验的Bayesian方法验前信息可信度计算[J];科学技术与工程;2012年31期
20 ;Application of Bayesian approach to hydrological frequency analysis[J];Science China(Technological Sciences);2011年05期
中国重要会议论文全文数据库 前20条
1 Hao Yan;Jin Zhu;Fuli Wang;Dakuo He;Qingkai Wang;;Bayesian Network-based Technical Index Estimation for Industrial Flotation Process under Incomplete Data[A];第32届中国控制与决策会议论文集(1)[C];2020年
2 Yijun Pan;Zeyu Zheng;;Bayesian online change point detection method for process monitoring[A];第32届中国控制与决策会议论文集(1)[C];2020年
3 Dexin Zhang;Yuan Zhu;;ECBN: Ensemble Clustering based on Bayesian Network inference for Single-cell RNA-seq Data[A];第三十九届中国控制会议论文集(6)[C];2020年
4 Yuxian Zhang;Shuqing Yan;Xiaoyi Qian;Mengru Zhao;;A fault diagnosis based on LSSVM and Bayesian probability for wind turbines[A];第三十九届中国控制会议论文集(4)[C];2020年
5 徐兵;李昕;郭思维;周广青;李元;;基于TDM及Bayesian反馈法的美罗培南PK/PD研究[A];第六届全国治疗药物监测学术年会论文摘要集[C];2016年
6 董婧;Guo-Hua Shi;Man Lu;Shu Huang;Yan-Hui Liu;Jia-Chen Yao;Wen-Yan Li;;Evaluation of the predictive performance of Bayesian dosing for warfarin in Chinese patients[A];第九届全国治疗药物监测学术年会论文摘要集[C];2019年
7 Lin Yang;Hui Wu;Rui-Xiang Xie;Zheng Jiao;;No impact of genetic polymorphsims in the folate metabolic pathway on PK of highdose methotrexate in adult patients with non-Hodgkin lymphoma:an populatoin analysis[A];2018年中国药理学会定量药理学专业委员会学术年会论文集[C];2018年
8 Huang Huateng;Chen Tianxing;Huang Jianfu;Feng Ziyou;Mo Zhenjie;Wu Tao;;Generalization Ability of the Tire Model Based on Bayesian Regularized Artificial Neural Network[A];2020中国汽车工程学会年会论文集(8)[C];2020年
9 Mao Lizhen;Feng Daguang;;Assessment of Coal Mine Safety Based on Bayesian Method with Entropy Weight[A];第30届中国控制与决策会议论文集(3)[C];2018年
10 Haiwang Cao;Chaogai Xue;Menghua Li;;Analysis on Influencing Factors of Enterprise Information System Innovation Capacity based on Bayesian Network Model[A];第30届中国控制与决策会议论文集(4)[C];2018年
11 Menglong CAO;Dongyuan YOU;;An Application of Optimized Bayesian Estimation Data Fusion Algorithm in Tire Pressure Monitoring System[A];第30届中国控制与决策会议论文集(5)[C];2018年
12 ;Optimal Coordination of Multi-task Allocation and Path Planning for UAVs Using Dynamic Bayesian Network[A];2009中国控制与决策会议论文集(3)[C];2009年
13 ;Bayesian Network analysis on agency behavior of controlling shareholders[A];2009中国控制与决策会议论文集(1)[C];2009年
14 ;Expected Bayesian Credible Limit of Reliability Parameters in the Case of Zero-Failure Data for Exponential Distribution[A];Proceedings of the 2011 Chinese Control and Decision Conference(CCDC)[C];2011年
15 ;A Reliability Improvement Predictive Approach to Software Testing with Bayesian Method[A];第二十九届中国控制会议论文集[C];2010年
16 ZHU Zoe;;Threat Assessment Based on Variable Parameter Dynamic Bayesian Network[A];第二十九届中国控制会议论文集[C];2010年
17 ;Bayesian methods for cycle slips detection based on autoregressive model[A];第三届中国卫星导航学术年会电子文集——S03精密定轨与精密定位[C];2012年
18 ;Fault Prognosis for Data Incomplete Systems: A Dynamic Bayesian Network Approach[A];第24届中国控制与决策会议论文集[C];2012年
19 ;Bayesian Methods with Application in Risk Analysis[A];Information Technology and Computer Science—Proceedings of 2012 National Conference on Information Technology and Computer Science[C];2012年
20 Li Fu;Jianbo Liu;Feihu Chang;Guanglei Meng;;Situation Assessment for Beyond-Visual-Range Air Combat Situation Assessment Based on Dynamic Bayesian Network[A];第25届中国控制与决策会议论文集[C];2013年
中国博士学位论文全文数据库 前17条
1 彭青松;Bayesian网及其在图像分析中的应用研究[D];合肥工业大学;2005年
2 秦婷婷;Bayesian方法及其在临床试验决策中的应用研究[D];华中科技大学;2019年
3 董旭初;Bayesian网的最优树分解研究[D];吉林大学;2011年
4 Kamran Abbas;Frechet分布的客观贝叶斯分析与可靠性推断[D];华东师范大学;2013年
5 李艳琴;Bayesian框架下的地震盲反褶积算法研究[D];天津大学;2016年
6 武娇;基于Bayesian学习和结构先验模型的压缩感知图像重建算法研究[D];西安电子科技大学;2012年
7 赵飞;乡镇尺度钉螺分布的高风险区域分析与Bayesian时空建模[D];复旦大学;2011年
8 龙翔;Bayesian运动图像分析[D];西北工业大学;2003年
9 郭波涛;经验似然方法及基因表达调控网络应用[D];第三军医大学;2008年
10 Muzahem Mohammed Yahya Al-Hashimi;[D];华中科技大学;2013年
11 张召友;非线性Bayesian滤波及其在SINS/GPS紧耦合导航中的应用研究[D];哈尔滨工程大学;2013年
12 邓海松;基于稀疏先验的计算机试验元建模方法研究[D];南京理工大学;2011年
13 刘剑锋;利用Bayesian-MCMC方法进行畜禽远交群数量性状和阈性状QTL定位[D];中国农业大学;2005年
14 Ahmad Umair Mian(米安);服务体验质量的关键研究问题:体验质量的测量[D];北京邮电大学;2013年
15 鲍跃全;结构健康监测的数据压缩采样与损伤识别融合方法[D];哈尔滨工业大学;2009年
16 达黑尔;巴基斯坦产出缺口的分析和估算[D];吉林大学;2014年
17 胡净;脑磁逆问题中的磁源重建算法研究[D];浙江大学;2002年
中国硕士学位论文全文数据库 前20条
1 陈亮;基于高斯过程和条件神经网络的多任务Bayesian优化研究[D];深圳大学;2019年
2 丁松;基于MS-CNN与Joint Bayesian的人脸认证算法[D];东北大学;2015年
3 于永跃;基于Bayesian Network系统状态异常检测算法研究与实现[D];大连理工大学;2018年
4 张继巍;兰州市七里河区婴幼儿腹泻患病空间分布特征分析及Bayesian空间建模研究[D];兰州大学;2018年
5 陈云起;基于序贯Monte Carlo方法与Rao-Blackwellisation的Bayesian滤波[D];哈尔滨工业大学;2017年
6 陈鹏;基于Bayesian的基因调控网络的研究[D];哈尔滨工业大学;2008年
7 Mohamed elmoctar Neine;[D];华中科技大学;2009年
8 董旭初;Bayesian网推理算法及基于Bayesian网的农业专家系统开发工具组件[D];吉林大学;2004年
9 朱允刚;基于进化算法的Bayesian网结构学习研究[D];吉林大学;2007年
10 叶善文;Bayesian网的学习及其在数据挖掘中的应用[D];宁波大学;2008年
11 毛小云;基于Bayesian网络的对等环境负载均衡模型[D];浙江大学;2008年
12 于鹏;一种Bayesian网结构学习算法的研究[D];吉林大学;2005年
13 吕利;应用Bayesian网处理基于一致性诊断中的不确定性问题的研究[D];吉林大学;2007年
14 王鹏;Bayesian网推理算法及在图像分类上的应用[D];吉林大学;2006年
15 刘帅;基于Bayesian随机效应模型的我国人口平均预期寿命分析[D];天津财经大学;2015年
16 潘吉斯;一种Bayesian网络结构的并行学习方法[D];苏州大学;2006年
17 宋琼;基于GO-Bayesian方法的城市轨道交通信号系统可靠性方法分析[D];北京交通大学;2018年
18 王昆;一种基于Bayesian CBR的推荐系统研究[D];河北师范大学;2011年
19 洪岚;Bayesian多层模型评价杭州西湖富营养化风险[D];浙江大学;2006年
20 戴慧;利用Bayesian可靠性分析模型和Bayesian状态空间模型评估住房抵押贷款违约风险[D];吉林大学;2015年
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