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《第四届湖北省抗癌协会青年委员会学术交流会论文集》2012年
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基于芯片数据的随机森林算法鉴定结肠癌生物标记物(英文)

王志刚  严志  章必成  饶智国  余丽芳  刘健  高建飞  
【摘要】:背景和目的 :结肠癌是世界范围内引起癌症相关死亡的主要原因之一,在最常见的恶性肿瘤中排名第三位。因此,对于结肠癌患者的早期诊断而言,寻找能够反映肿瘤生物特点的生物标记物是一个迫切需要解决的问题之一。本研究利用结肠癌患者的生物芯片数据,通过随机森林计算方法来鉴定新的肿瘤生物标记物。材料和方法:收集临床确诊的48例结肠癌患者组织标本,相同数量的正常组织标本作为对照样本。首先,运用实时定量PCR方法观察并确定本研究不同样本组织中的各种生物标记物的相对表达水平。随后,ROC曲线被用来分析组织样本中每个标记物的敏感性和特异性。最后,根据它们的不同表达水平,结合结肠癌患者的临床数据,分析每个生物标记物的临床相关性及意义。结果 :通过随机森林算法,4种基因标记物包括IL8,WDR77,MYL9和VIP被鉴定,其平均敏感率为83.75%,平均特异性为76.15%。与正常组织相比较,77.1%的结肠癌组织(n=37)中IL8表达升高(P=0.032),70.8%的结肠癌组织(n=34)中WDR77表达升高(P=0.046);与之相反,72.9%的结肠癌组织(n=35)中IL8表达降低(P=0.028),68.8%的结肠癌组织(n=33)中VIP表达下降(P=0.177)。生存结果显示:组织中高表达IL8、WDR77并且低表达MYL9、VIP的结肠癌患者,其中位生存时间明显缩短。结论 :我们的研究表明:基于芯片数据的随机森林算法用于结肠癌生物标记物的鉴定是可行的,更为重要的是,本研究鉴定的4种候选基因具有作为结肠癌早期诊断的临床标志物的应用潜能。

【共引文献】
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