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《中国计算机图形学进展2008--第七届中国计算机图形学大会论文集》2008年
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基于LevelSet曲面的蛋白质分子场特征分析

韩玮  金志栋  汪莉  彭群生  
【摘要】:本文阐述了利用LevelSet模型抽取并分析蛋白质分子场特征方面的研究工作。我们从蛋白质分子结构出发,采用分子力学和分子动力学理论计算得到蕴含丰富生化信息的分子场数据;设计了一种有效的LevelSet模型揭示分子能量突变区域;进而构造体特征函数,抽取并分析LevelSet曲面的拓扑结构特征;最后,对同一蛋白质不同状态下的LevelSet曲面进行多属性比对。采用上述特征分析方法可成功抽取了蛋白质分子场的重要特征,所计算出来的特征与已有生物学结论一致,如DPS蛋白质与铁离子结合的空腔区域,HIV-1蛋白酶内部的水分子排除通道,以及HIV-1蛋白酶在水溶液中进行SMD模拟时的生物活性变化等。

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