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《广西计算机学会2012年学术年会论文集》 2012年
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基因预测中的信噪比计算问题

万芷君  明媚  王婷  栗丽兵  
【摘要】:基因预测即为对给定的DNA序列,识别出其中的外显子。这是当前生物信息学的一个最首要问题。对其中的关键指标信噪比的计算,传统的离散Fourier变换(DFT)方法计算量比较大。本文主要探讨信噪比与DNA序列中核苷酸分布的关系,优化信噪比的计算方法。首先引进FFT变换求DNA序列功率谱,减少了DFT的计算工作量。然后用重复计算实验的办法,对大量DNA序列中核苷酸的分布情况进行统计,得出综合考察变量。最后以核苷酸分布频数和DNA序列长度为自变量,建立了Z-curve映射规则下求DNA序列信噪比的新模型,避免了传统的求信噪比的方法中对DNA序列长度的约束和DFT变换的繁冗工作,并对模型进行了检验。

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