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《中国观赏园艺研究进展2011》2011年
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菊花花芽分化期叶片和茎尖转录组表达分析

孙霞  郑成淑  王秀峰  邢世岩  束怀瑞  
【摘要】:研究菊花花芽分化期转录组表达序列标签(ESTs)。以切花菊品种‘神马'为试材,从菊花不同花芽分化期叶片和茎尖中分别提取的总RNA构建cDNA文库,利用高通量EST测序技术,分析菊花花芽分化期叶片和茎尖的转录组表达序列标签(ESTs)。cDNA克隆测序共获有957 720条片段重叠群(contigs)。组装后筛选出113 515条非冗余重叠群(unigenes)。对所有unigenes进行GO功能分类,共收集到54 488条分属于分子功能、细胞组分和生物学过程的unigenes,占总unigenes的48.0%。其中,参与分子功能的共12种,涉及13837条unigenes(12.2%);参与细胞组分的共11种,涉及24 353条unigenes(21.5%);参与生物过程的共18种,涉及16 298条unigenes(14.4%);用BLAST比对所有unigenes序列,得到编码蛋白框(CDS)的核酸序列和氨基酸序列均为54 644条,其中53 110条(97.2%)核酸序列是完整无间隔(不含N)的序列。用ESTscan预测得到其编码区的核酸序列和氨基酸序列均为8 506条,其中7 871条(92.5%)的核酸序列是完整无间隙(不含N)的序列。将所有unigenes与COG数据库BLAST比对显示,共有22 871条(19.5%)与已知其他植物同源,并被归为23类直系同源簇群,未知功能的有780条(3.5%),推测可能是菊花新基因;根据KEGG注释信息的预测结果,共得到25 001条参与代谢通路的unigenes,从中获得植物节律代谢通路相关unigenes共269条(1.08%),对其进行BLAST比对,获得参与光周期途径的光受体基因、生物节律钟基因和生物节律钟输入和输出基因等相似功能基因共20个。获得了菊花花芽分化期叶片和茎尖中转录组的ESTs,将所获得unigenes提交到公共数据库中,丰富菊花花芽分化期的ESTs信息,为菊花开花相关基因的筛选和后期转基因利用奠定了基础。

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【参考文献】
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