DNA序列拼接算法分析及并行化探讨

【摘要】：基于欧拉路径的拼接算法开辟了一条解决 DNA 序列拼接问题的新的途径,打破了遵循"重叠-排列-生成共有序列"方法的传统。本文举例说明了基于 EULER 路径的拼接算法和基于 Hamilton 路径的拼接算法是怎样解决 repeat 问题的。在 CJ、NM、LL 基因组序列拼工程中,比较了 EULER 算法与 Phrap、CAPS、 TIGR 算法的拼接结果,分析了它们各自的优缺点。由于 EULER 路径算法要求构造一个复杂的 deBruijin 图, 因此用该算法拼接大规模全基因组存在存储瓶颈问题,该文对基于 EULER 路径的拼接算法进行了并行化探讨。

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中国期刊全文数据库

前20条

1	陈柏生;;基于BIFs方法的量子目标检测[J];微型机与应用;2011年16期
2	高冬;;基于混合蚁群遗传算法的RNA二级结构预测[J];计算机与现代化;2011年08期
3	赵月;奚燕萍;王飞;;调控-代谢网络的集成建模与分析方法研究[J];计算机应用与软件;2011年07期
4	陈益青;张连明;;一个应用于MHCⅡ类分子亲和肽预测的集成分类器[J];计算机应用与软件;2011年08期
5	彭昱静;邹盛荣;陈彦;;群落划分方法在免疫网络中的比较[J];电脑知识与技术;2011年18期
6	吕奕;王清;;一种基于概率校正和集成学习的肠癌肝转移预测模型[J];计算机应用与软件;2011年09期
7	肖绚;徐培杰;;哈斯矩阵图的G-蛋白偶联受体类型预测[J];计算机工程;2011年18期
8	;加拿大D-Wave系统公司开发量子计算机取得突破[J];企业技术开发;2011年15期
9	;2011中国人工生命与智能机器人会议征文通知[J];模式识别与人工智能;2011年03期
10	枫;;2011年数据挖掘欧洲会议[J];国外社会科学;2011年04期
11	吴敬桐;陈玉泉;;童话故事概念关系的自动构建[J];计算机工程;2011年15期
12	赵志立;张瑞生;阮钶茵;朱月明;丁凡;李廉;;统一数据管理空间在大规模并行作业计算中的应用[J];小型微型计算机系统;2011年09期
13	王艳;;基于SSE2的Smith-Waterman算法并行优化[J];赤峰学院学报(科学教育版);2011年07期
14	朱伟丽;黄晴珊;;美国5所医学院图书馆培训讲座的调查及其对我国图书馆开展文检讲座的启示[J];中华医学图书情报杂志;2011年06期
15	周溜溜;业宁;徐昇;严敏利;;基于频繁子树挖掘的DNA重复序列识别方法[J];微电子学与计算机;2011年09期
16	孔飞飞;邱欣欣;陈光辉;钟梁;周义文;成风;匡文斌;涂植光;;靶向YB-1的microRNA表达载体的构建及其对MB-MDA-231细胞增殖的影响[J];激光杂志;2011年04期
17	唐海英;王体春;;基于EDAM本体的约束引导工作流构建[J];计算机时代;2011年07期
18	宋鸿;雷小元;王亚玲;魏桂林;;对国际知名的分析化学相关期刊特色栏目设置的分析与思考[J];中国科技期刊研究;2010年06期
19	李大卫;;基于动态规划的序列比对的并行算法研究[J];井冈山大学学报(自然科学版);2011年03期
20	耿玉玲;;国内英文版生物医学科技期刊文献计量分析[J];中国科技期刊研究;2010年06期

中国重要会议论文全文数据库

前10条

1	蔡毅;骆志刚;;DNA序列拼接算法分析及并行化探讨[A];2007北京地区高校研究生学术交流会通信与信息技术会议论文集（上册）[C];2008年
2	李媛;崔尚金;李建伟;于康震;;分子生态学与生物信息学[A];中国畜牧兽医学会禽病学分会第十一次学术研讨会论文集[C];2002年
3	陆文聪;钮冰;;基于数据挖掘的生物信息学研究进展[A];中国化学会第27届学术年会第15分会场摘要集[C];2010年
4	陈婷婷;郭婷婷;李林;安冬;;基于生物信息学的功能蛋白基因序列分类研究[A];2011年全国通信安全学术会议论文集[C];2011年
5	卢学春;杨波;朱宏丽;姚善谦;;采用生物信息学方法优化依硫磷酸联合方案治疗MDS的应用研究[A];中国科协海峡两岸学术研讨会——2008血液肿瘤论坛会议会编[C];2008年
6	阮林;何颖;邹泽红;傅意玲;陈惠芳;陶爱林;;外源蛋白过敏原性生物信息学评价[A];中华医学会2010年全国变态反应学术会议暨中欧变态反应高峰论坛参会指南/论文汇编[C];2010年
7	冯文龙;赵清杰;;基于遗传算法的DNA多序列比对问题[A];2007年中国智能自动化会议论文集[C];2007年
8	康晓东;;生物信息学及其研究对象[A];2003年全国医学影像技术学术会议论文汇编[C];2003年
9	王智宇;童强松;曾甫清;刘媛;顾朝辉;郑丽端;蔡嘉斌;蒋国松;;小鼠睾丸特异性基因TSEG-4的克隆及表达分析[A];第十五届全国泌尿外科学术会议论文集[C];2008年
10	朱云平;刘湘军;魏丽萍;李亦学;;肝脏蛋白质组的生物信息学研究[A];中国蛋白质组学第三届学术大会论文摘要[C];2005年

中国博士学位论文全文数据库

前10条

1	张敏;生物信息学中多序列比对等算法的研究[D];大连理工大学;2005年
2	曾智勇;猪呼肠孤病毒SC-A株的分离鉴定及全基因组cDNA文库的构建和分子遗传特征分析[D];四川农业大学;2006年
3	肖庆;硬粒小麦硒蛋白的生物信息学研究[D];华中科技大学;2008年
4	张革新;α-淀粉酶性能与结构关系的生物信息学研究[D];江南大学;2005年
5	李艳芸;HLA-DRB1基因编码区SNPs的分析及其与宫颈癌的相关性研究[D];天津医科大学;2006年
6	童庆;面向基因预测的信息处理方法研究[D];中国科学技术大学;2006年
7	刘立芳;生物信息学中的多序列比对与模体识别问题研究[D];西安电子科技大学;2006年
8	郭雨珍;蛋白质结构预测和比较的优化研究[D];大连理工大学;2007年
9	熊赟;生物序列模式挖掘与聚类研究[D];复旦大学;2007年
10	张晓丽;几种舌苔蛋白组学初步研究[D];湖北中医学院;2008年

中国硕士学位论文全文数据库

前10条

1	詹超;支持向量机在基因表达数据分类中的研究[D];武汉理工大学;2006年
2	郭俊恩;蚁群遗传算法在序列比对中的应用[D];江南大学;2008年
3	潘志宏;植物化感作用代谢途径模拟预测系统的构建与应用[D];福建农林大学;2009年
4	郭洪峰;特异上调HO-1基因表达的人工转录因子构建[D];第三军医大学;2009年
5	乐东海;耐辐射球菌DNA连接酶的研究[D];浙江大学;2005年
6	黄志华;水稻基因组中的假基因研究[D];浙江大学;2005年
7	朱贤芳;生物序列的比对算法比较研究[D];南京理工大学;2005年
8	王树青;基于生物信息学的SARS冠状病毒主蛋白酶抑制剂的设计[D];天津师范大学;2005年
9	曲华;一种双聚类算法的实现与改进[D];吉林大学;2005年
10	黄辉;Armillariella tabescens（E-20）cDNA文库部分克隆随机测序及阿拉伯糖苷酶全长cDNA的克隆与表达[D];暨南大学;2005年

中国重要报纸全文数据库

前10条

1	衣晓峰　乔蕤琳;哈医大建立系列生物信息学研究方法[N];中国医药报;2010年
2	记者郭晓静通讯员熊学莉;三医大建起生物信息学数据库[N];重庆日报;2003年
3	华大基因孙健冬;大型计算机与生物信息学[N];计算机世界;2002年
4	本报记者白毅;生物信息学院士谈[N];中国医药报;2002年
5	中科院生物学部张春霆;对生物信息学的展望[N];北京科技报;2000年
6	中科院院士吴旻;要适时推进生物信息学综合服务[N];光明日报;2002年
7	陈光宇　丁俊娜;破译生命“天书”[N];浙江日报;2005年
8	暨南大学医药生物技术研究开发中心郑青;生物信息学唱主角[N];医药经济报;2001年
9	刘义;生物信息学产业浮出水面[N];中国高新技术产业导报;2000年
10	本报记者李恩青;生物信息学：促动BT与IT双赢[N];中国高新技术产业导报;2001年

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