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《中国科学院地质与地球物理研究所2008学术论文汇编》2009年
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Does capillary racetrack-based enrichment reflect the diversity of uncultivated magnetotactic cocci in environmental samples?

【摘要】:正The racetrack-based PCR approach is widely used in phylogenetic analysis of magnetotactic bacteria(MTB),which are isolated from environmental samples using the capillary racetrack method.To evaluate whether the capillary racetrack-based enrichment can truly reflect the diversity of MTB in the targeted environmental sample,phylogenetic diversity studies of MTB enriched from the Miyun lake near Beijing were carried out,using both the capillary racetrack-based PCR and a modified metagenome-based PCR approach.Magnetotactic cocci were identified in the studied sample using both approaches.Comparative studies showed that three clusters of magnetotactic cocci were revealed by the modified metagenome-based PCR approach,while only one of them(e.g.MYG-22 sequence) was detected by the racetrack-based PCR approach from the studied sample.This suggests that the result of capillary racetrack-based enrichment might have been biased by the magnetotaxis of magnetotactic bacteria.It appears that the metagenome-based PCR approach better reflects the original diversity of MTB in the environmental sample.

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【共引文献】
中国期刊全文数据库 前3条
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中国博士学位论文全文数据库 前7条
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