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林麝四碱基微卫星位点筛选

卢婷  宋旭颢  张修月  岳碧松  
【摘要】:微卫星具有分布广、易检测、多态性高、共显性遗传和符合孟德尔遗传规律等优点,已被广泛应用于濒危动物的保护研究中。与二碱基、三碱基微卫星相比,四碱基微卫星由于不易产生滑带而分型更精确和可靠。本研究中,我们利用微卫星搜索软件MSDBv2.4在本实验室测序的林麝基因组中获得了重复次数为4~58次的8858条四碱基微卫星序列,挑选其中的76条序列设计微卫星引物,经过PCR条件优化、多色荧光标记、基因分型扫描等步骤,最终筛选得到17个多态性的四碱基微卫星位点。使用来自四川米亚罗养麝场的26个林麝毛发DNA样品检测这17个位点,Micro-Checker检测结果显示:除LS-2-1位点出现零等位基因外,其余16个微卫星位点在该种群中都遵从中性突变模式,不存在等位基因丢失。curves3.0多态性检测和genepop Hardy-Weinberg检验结果显示,17个位点遵从中性突变模式,均符合哈迪·温伯格平衡(P0.01),位点等位基因数的范围是2~6,平均值是3.71;观察杂合度(Ho)的变异范围是0.154~0.692,期望杂合度(He)的变异范围是0.145~0.735;多态信息含量(PIC)的变异范围是0.132~0.683,平均值是0.405。17个四碱基微卫星多态位点在26个大熊猫样本中一共检出了61个等位基因,各位点等位基因数从2到6不等,平均每位点的等位基因数为3.59。genepop Linkage disequilibrium检验结果表明:LS-6-1和LS-14-2,LS-14-2和LS-18-1,LS-6-1和LS-27-1,LS-14-2和LS-27-1(P0.01)之间存在连锁不平衡,在后续研究中应注意位点的选择使用。

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