收藏本站
《经济发展方式转变与自主创新——第十二届中国科学技术协会年会(第三卷)》2010年
收藏 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

拟穴青蟹线粒体COI基因序列克隆及SNPs位点筛选

马群群  马洪雨  马凌波  马春艳  崔海玉  
【摘要】:本研究根据拟穴青蟹(Scylla paramamosain)线粒体全序列设计引物,采用PCR产物双向测序法,克隆了线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(COI)基因部分序列(765bp),并筛选、分析了拟穴青蟹的SNPs位点。共分析了18个采自福建省宁德市的拟穴青蟹个体,另外,从GenBank数据库中下载了33条前人提交的拟穴青蟹COI基因序列(长度在425bp-539bp之间)。利用MEGA4.0生物学软件对所有序列进行分析,结果表明T、C、A和G的平均含量分别为37.8%、17.9%、28.7%和15.6%,G+C的含量平均为33.5%。比对结果表明,在所克隆的765bp长的COI基因序列中共筛选到39个SNPs位点,SNPs位点出现频率为5.1%。在这39个SNPs位点中,19个为C/T转换(占48.7%),14个为A/G转换(占35.9%),2个为A/C颠换(占5.13%),2个为A/T颠换(占5.13%),1个为G/C颠换(占2.56%),另有一个位点(213bp处),发生了A/C颠换、G/C颠换和C/T转换三种类型的碱基替换,未发现插入和缺失突变。由于GenBank中的COI序列比本研究所获得的序列短,因此,在39个SNPs位点中,有31个位点出现在所有序列中,而另外8个位点仅出现在本研究所获得的序列中。氨基酸分析表明,在39个SNPs位点中,有12个位点属于非同义突变,引起了氨基酸的变化;其他27个位点属于同义突变,未引起氨基酸的变化。本研究将为拟穴青蟹遗传背景和群体遗传多样性研究提供新的分子标记。

手机知网App
【参考文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 曾朝阳;单核苷酸多态性[J];国外医学(分子生物学分册);2001年03期
2 袁志刚,方玲,黄志碧,庞启平,马军,胡启平;广西壮族人群线粒体DNA单个碱基突变的分析[J];广西医科大学学报;2002年04期
3 赵莹莹;曹顶臣;匡友谊;孙效文;;鲤鱼品系的部分线粒体序列的遗传变异[J];农业生物技术学报;2009年01期
4 孔晓瑜,喻子牛,刘亚军,高天翔,武云飞;中华绒螯蟹与日本绒螯蟹线粒体COI基因片段的序列比较研究[J];青岛海洋大学学报(自然科学版);2001年06期
5 郭天慧,孔晓瑜,陈四清,喻子牛;三疣梭子蟹线粒体DNA 16S rRNA和COI基因片段序列的比较研究[J];中国海洋大学学报(自然科学版);2004年01期
6 王玉江,高天翔,韩志强,刘进贤,于常红;中国和越南青蟹线粒体16S rRNA基因序列分析[J];中国海洋大学学报(自然科学版);2005年04期
7 张洪伟;傅洪拓;夏德全;;农业经济动物的SNPs研究进展[J];浙江海洋学院学报(自然科学版);2007年02期
8 郑冰蓉,张亚平,肖蘅,昝瑞光;云南倒刺鲃mt DNA D-loop区序列的遗传多样性研究[J];水利渔业;2002年03期
9 马凌波;张凤英;乔振国;何利军;马春艳;;中国东南沿海青蟹线粒体COI基因部分序列分析[J];水产学报;2006年04期
10 林元烧,曹文清,方旅平,刘茜茜,李少菁;中华假磷虾线粒体DNA COI基因片段序列分析[J];厦门大学学报(自然科学版);2004年06期
中国博士学位论文全文数据库 前2条
1 郭新红;不同倍性鱼类mtDNA及三倍体湘云鲫Sox基因研究[D];湖南师范大学;2004年
2 王成辉;中国红鲤遗传多样性研究[D];上海水产大学;2002年
【共引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 张健东;马龙;陈刚;潘传豪;汤保贵;周晖;黄建盛;王忠良;;不同地理群体多鳞鱚的形态差异分析[J];安徽农业科学;2010年11期
2 张龙岗;安丽;董学飒;孟庆磊;付佩胜;;高体革鯻线粒体DNA 16S rRNA和COI基因片段的克隆与序列分析[J];安徽农业科学;2010年35期
3 曾朝阳;熊炜;周艳宏;李小玲;李桂源;;高密度全基因组单核苷酸多态芯片研究进展及其在肿瘤研究中的应用[J];癌症;2006年11期
4 黄勃,樊美珍,李增智;绿僵菌属系统分类的研究进展(综述)[J];安徽农业大学学报;2002年02期
5 屠云洁;高玉时;苏一军;王克华;童海兵;;我国部分地方鸡种COⅠ基因多态性及其分子系统进化研究[J];安徽农业大学学报;2011年01期
6 邵爱华;朱江;陈葵;史全良;李新平;沈颂东;;暗纹东方鲀线粒体COⅡ及两侧tRNA基因的克隆和序列分析[J];动物学杂志;2005年06期
7 孙悦娜;冯建彬;李家乐;聂式忠;;日本沼虾三群体线粒体16S rRNA基因片段序列的差异与系统进化[J];动物学杂志;2007年01期
8 李莉好;喻达辉;黄桂菊;郭奕惠;梁沛文;江世贵;贾晓平;;三种海豚线粒体COI基因的序列分析[J];动物学杂志;2007年03期
9 冯冰冰;李家乐;牛东红;陈琳;郑岳夫;郑凯宏;;我国沿海三疣梭子蟹9个野生群体线粒体CR和COⅠ片段比较分析[J];动物学杂志;2008年02期
10 徐田军;孙悦娜;廖智;王日昕;;日本囊对虾4个地理群体线粒体16S rRNA序列及遗传结构分析[J];动物学杂志;2010年02期
中国重要会议论文全文数据库 前3条
1 陈叶兰;许婷;陈昺寅;;动物的环境法律主体资格探讨[A];水资源可持续利用与水生态环境保护的法律问题研究——2008年全国环境资源法学研讨会(年会)论文集[C];2008年
2 乔振国;马凌波;于忠利;王建钢;;我国海水蟹类养殖现状与发展目标[A];中国工程院第77场工程科技论坛·2008水产科技论坛——渔业现代化与可持续发展论文集[C];2008年
3 ;Isolation of Polymorphic Microsatellite Markers in Scylla Paramamosain by 5'Anchored PCR Technique[A];经济发展方式转变与自主创新——第十二届中国科学技术协会年会(第三卷)[C];2010年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 廖芳;重要植物疫害的检测鉴定及分子系统学研究[D];南开大学;2010年
2 徐成;牙鲆雌核发育分析鉴定与性别决定机制研究[D];中国科学院海洋研究所;2000年
3 尤锋;牙鲆群体遗传多样性及鲽形目鱼类分子系统学初步研究[D];中国科学院海洋研究所;2001年
4 孔杰;中国对虾不同群体的遗传差异与抗病群体选育的研究[D];中国科学院研究生院(海洋研究所);2002年
5 梁君荣;花尾胡椒鲷(Plectorhynchus cinctus)种质资源及其变异种的特异性分子标记研究[D];厦门大学;2002年
6 马长艳;中华绒螯蟹卵巢发育相关基因的研究[D];南京师范大学;2003年
7 孔晓瑜;栉孔扇贝Chlamys farreri和特蛎Crassostrea的遗传多样性研究[D];中国海洋大学;2004年
8 顾绍庆;细胞因子基因多态性与乙型肝炎病毒宫内感染相关性的研究[D];复旦大学;2004年
9 郭新红;不同倍性鱼类mtDNA及三倍体湘云鲫Sox基因研究[D];湖南师范大学;2004年
10 柳广东;三种经济绒螯蟹的遗传学和形态学研究[D];中国海洋大学;2005年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 胡佳;鲟形目部分种类基于线粒体COⅠ基因的分子进化研究[D];华中农业大学;2010年
2 呼光富;颖鲤杂种优势及其相关分子生物学初步研究[D];华中农业大学;2010年
3 胡浩;兰科槽舌兰属DNA条形码研究及其系统发育分析[D];甘肃农业大学;2010年
4 刘磊;三疣梭子蟹形态性状对体重影响及微卫星DNA标记进行家系鉴定的研究[D];中国海洋大学;2010年
5 李晓萍;三疣梭子蟹微卫星富集文库的构建及五个野生地理群的多样性分析[D];中国海洋大学;2010年
6 陈志鑫;Hg~(2+)、Pb~(2+)、Cd~(2+)对中华哲水蚤(Calanus sinicus)总超氧化物歧化酶(T-SOD)及线粒体COI基因影响的初步研究[D];中国海洋大学;2010年
7 庄伟;半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)基因组SNP标记的开发与检测[D];中国海洋大学;2010年
8 孙健;云南、河南两省日本三角涡虫基于mtDNA COI基因片段的分子系统学研究[D];河南师范大学;2010年
9 苏敏;黑脊倒刺鲃胚胎、幼鱼的发育及原生殖细胞的起源、迁移和分化的研究[D];福建师范大学;2003年
10 于飞;荧光定量PCR在缺失型DMD携带者检测中的应用[D];广西医科大学;2003年
【二级参考文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 李思发,周碧云,倪重匡,陈臻祺;长江、珠江、黑龙江鲢、鳙和草鱼原种种群形态差异[J];动物学报;1989年04期
2 邱顺林,林康生,陈大庆;长江鲥鱼种群生长和繁殖特性的研究[J];动物学报;1989年04期
3 张四明,吴清江,张亚平;从线粒体DNA控制区核苷酸序列论达式鲟、亚洲和北美洲中吻鲟的分类地位(英文)[J];动物学报;2001年06期
4 贺艳萍,郭亚平,马恩波;小鼠SOX基因的扩增及序列分析[J];动物学报;2001年S1期
5 李建中,张轩杰,刘少军,冯浩,刘筠;异源四倍体鲫鲤的受精细胞学[J];动物学报;2002年02期
6 李思发,吕国庆,L.贝纳切兹;长江中下游鲢鳙草青四大家鱼线粒体DNA多样性分析[J];动物学报;1998年01期
7 李思发,李晨虹,李家乐;尼罗罗非鱼品系间形态差异分析[J];动物学报;1998年04期
8 常重杰,周荣家,余其兴;PCR扩增泥鳅和大鳞副泥鳅SRY盒基因[J];动物学杂志;1998年01期
9 邓怿,王金星;哺乳动物性别决定的分子要素[J];动物学杂志;1998年05期
10 薛俊增,堵南山,赖伟;三疣梭子蟹活体胚胎发育的观察[J];动物学杂志;1998年06期
中国重要会议论文全文数据库 前1条
1 孔晓瑜;刘亚军;喻子牛;宋林生;;栉孔扇贝和海湾扇贝线粒体16S rRNA基因片段的比较研究[A];贝类学论文集(第Ⅸ辑)[C];1999年
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 何峰;马瑞芹;赵旭;张宇;于锦涛;温海深;李吉方;;雌牙鲆CYP19A基因启动子“CpG”岛区的单核苷酸多态性及与繁殖性能的关联分析[J];中国海洋大学学报(自然科学版);2011年09期
2 马群群;马洪雨;马春艳;崔海玉;马凌波;;拟穴青蟹线粒体COI基因序列克隆及SNPs位点分析[J];生物技术通报;2011年07期
3 张彩凤;;红树林瓦缸生态养殖青蟹技术[J];渔业致富指南;2011年13期
4 ;[J];;年期
5 ;[J];;年期
6 ;[J];;年期
7 ;[J];;年期
8 ;[J];;年期
9 ;[J];;年期
10 ;[J];;年期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 马群群;马洪雨;马凌波;马春艳;崔海玉;;拟穴青蟹线粒体COI基因序列克隆及SNPs位点筛选[A];经济发展方式转变与自主创新——第十二届中国科学技术协会年会(第三卷)[C];2010年
2 马群群;马洪雨;马凌波;马春艳;崔海玉;;拟穴青蟹线粒体COI基因序列克隆及SNPs位点筛选[A];2010年中国水产学会学术年会论文摘要集[C];2011年
3 林仲旸;章跃陵;李远友;;拟穴青蟹SpToll基因的克隆、表达及其SNPs研究[A];渔业科技创新与发展方式转变——2011年中国水产学会学术年会论文摘要集[C];2011年
4 梁日深;邹记兴;;基于COI基因序列我国近海鯻科鱼类系统进化关系[A];渔业科技创新与发展方式转变——2011年中国水产学会学术年会论文摘要集[C];2011年
5 蔡立哲;王雯;周细平;傅素晶;许鹏;刘莎;叶洁琼;黄睿婧;;外来物种沙筛贝(Mytilopsis sallei)地理差异的COI基因分析[A];中国动物学会、中国海洋湖沼学会贝类学会分会第十四次学会研讨会论文摘要汇编[C];2009年
6 程起群;张凊漪;;三种沼虾的COI基因序列变异及其分类地位探讨[A];北方遗传资源的保护与利用研讨会论文汇编[C];2010年
7 叶海辉;王桂忠;李少菁;林琼武;;福建青蟹产业发展现状与对策[A];渔业科技创新与发展方式转变——2011年中国水产学会学术年会论文摘要集[C];2011年
8 朱小明;高美玲;李君华;邹青;文继贤;戚瑛育;方柏州;林伟山;方炎连;;养殖青蟹病因不明死亡的调查研究及其预防对策[A];中国甲壳动物学会第十一届年会暨学术研讨会论文摘要集[C];2011年
9 马凌波;乔振国;马洪雨;蒋科技;张凤英;马春艳;宋炜;;拟穴青蟹苗种规模化培育和种质资源研究进展[A];2010年中国水产学会学术年会论文摘要集[C];2011年
10 梁日深;王超;邹记兴;;基于COI基因序列的7种金线鱼属鱼类分子进化关系[A];渔业科技创新与发展方式转变——2011年中国水产学会学术年会论文摘要集[C];2011年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 陈思笋 包定波;三门青蟹海里过冬[N];台州日报;2008年
2 朱曙光 林学富;三门青蟹欲争海蟹头牌[N];农民日报;2009年
3 记者 叶晖 通讯员 林学富 朱曙光;三门青蟹改变进城攻略[N];浙江日报;2009年
4 朱曙光;三门捕到一只青蟹王[N];台州日报;2010年
5 朱曙光 陈晓辉 谢芳;浙大教授团为三门青蟹产业“把脉”[N];中国渔业报;2011年
6 本报记者 吕信渊 倪中勇;青蟹节收获知多少[N];台州日报;2010年
7 符建良 实习记者 何潭振 记者 戴正聪;工厂化笼养软雏青蟹获成功[N];中国食品质量报;2004年
8 温文;青蟹人工养殖[N];中国渔业报;2004年
9 周玲芬;三门青蟹产业列入省富民强县项目[N];台州日报;2007年
10 朱曙光 林学富;三门青蟹PK大闸蟹[N];中国渔业报;2009年
中国博士学位论文全文数据库 前3条
1 许飞;小庙洪牡蛎礁巨蛎属牡蛎间生殖隔离研究[D];中国科学院研究生院(海洋研究所);2009年
2 管卫兵;锯缘青蟹Scylla serrata(Forsk(?)l)生殖系统结构与功能及精荚的人工移植研究[D];厦门大学;2003年
3 卢霞;分子标记应用于文蛤遗传评价、图谱构建及QTL筛选的研究[D];中国科学院研究生院(海洋研究所);2012年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 林仲旸;拟穴青蟹SpToll基因的克隆、表达及其SNPs研究[D];汕头大学;2011年
2 张勇;基于线粒体COI基因和微卫星标记对细鳞鲴种群遗传结构的研究[D];上海海洋大学;2011年
3 韩耀龙;拟穴青蟹健康养殖模式研究[D];汕头大学;2011年
4 张胜负;光照对拟穴青蟹幼体生长发育的影响[D];上海海洋大学;2011年
5 徐俊;栉孔扇贝线粒体DNA的初步研究[D];中国海洋大学;2005年
6 赵贤亮;凡纳滨对虾血蓝蛋白Ig-like区单核苷酸多态性(SNPs)的研究[D];汕头大学;2010年
7 朱丰;实验红鲫C1HD系SSRs与SNPs标记的研究[D];南华大学;2010年
8 董长永;中国沿海蛾螺科5属10种的系统学分析[D];辽宁师范大学;2008年
9 刘旭东;牙鲆HSP70与HSC70基因的克隆、表达及其SNPs与耐热性状的相关性分析[D];中国海洋大学;2011年
10 孙希福;基于形态学和分子生物学资料探讨中国沿海10种虾虎鱼类的系统发育关系[D];中国海洋大学;2009年
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62791813
  • 010-62985026